В січні 1918 року в панській адміністративній будівлі був створений інтернат для безпритульних дітей на 30 – 40 чоловік. В 1921 році з м.Котовська (Бірзули) був переведений дитячий будинок і очолив його у селі Нестоїта Колісниченко Михайло (батько колишнього завідуючого Котовським райво Колісниченка Володимира Михайловича). Життя вирувало, родились і росли діти і батьки хотіли, щоб їх діти навчались. І ось було відкрито Нестоїтську Українську школу № 41, для дітей жителів села, батьки яких були колгоспниками першого колгоспу ім..Рози Люксембург. Директором школи був призначений Кач Степан Борисович, який пропрацював з 1930 до 1935 року. Йшли роки, село будувалось. Учнів ставало все більше і більше і було відкрито ще одну школу – Нестоїтську Молдавську школу №42. Так як в селі проживали і українці, і молдовани, то діти українців відвідували Нестоїтську Українську середню школу № 41, а діти молдавських родин – Нестоїтську Молдавську школу № 42.

З 1935 по 1941 рік директором школи працював Олейник Микола Григорович, якого забрали на війну і він загинув, захищаючи свою Батьківщину.Тяжкими випробуваннями для людей була війна з фашистами. В серпні 1941 року в район і в село вдерлися румунські окупанти. Почалися чорні дні «нового порядку», який продовжувався 965 днів. Але школа навчала і виховувала своїх учнів під керівництвом Левицького Івана Андрійовича, який уміло керував педколективом, (викладав фізику) з 1941 по1942 рік і в 1942 році добровольцем пішов на фронт. Пост директора школи зайняв в 1942 році Татаров Андрій Маркович, учитель математики та фізики і керував школою до 1945 року. Після Перемоги в 1945 році директором школи став Юрченко Матвій Євтихович, який керував навчально – виховним процесом, викладаючи українську мову та літературу, до 1950 року. В 1950 році на посаду директора було призначено вчителя історії Штількінда Павла Борисовича, який уміло керував педколективом школи разом зі своїм заступником школи Зарецькою Ганною Семенівною до 1957 року. В школі вирував навчально – виховний процес, працювала партія комуністів, комсомольська, піонерська організація. До Нестоїтської Української середньої школи № 41 прибували учні з сусідніх сіл: Нової Кульни, Станіславки, Романівни, Климентьової, Бурилово. Для них був відкритий пришкільний гуртожиток, де вони проживали цілий тиждень, 3 рази харчувались, а їх вихователями були вчителі Ткач Павло Антонович та Крижанівська Парасковія Дмитрівна. Село розквітало, будувались добротні будинки жителів села, школа випускала багато випускників з 7 та 10 класу. (Див.додаток №3). В 1957 році на посаду директора школи було пизначено вчителя географії Кісільова Костянтина Макаровича та заступником директора школи Кобилянського Павла Дементьовича. Школа працювала в три зміни, так як було в школі по 700-800 учнів: І зміна – 1-7 класи; ІІ зміна – 8-10 класи; ІІІ зміна – вечірня школа. Учні старших (8-10кл) класів навчались на уроках виробничого навчання і одержували після закінчення середньої школи посвідчення трактористів, водіїв, тваринників – механізаторів. Уроки виробничого навчання проводились на тваринницьких фермах, проходили водіння на пришкільних тракторах та автомобілях (їх було по 2). Було відкрито групи продовженого дня, де було обов’язковим навчання учнів 1-7 класів. Учні 2 рази в день харчувались безкоштовно, виконували домашні завдання.

Уже школа, яка знаходилась в маєтку пана, була малою для такої кількості учнів ( в класі було від 30 до 40 учнів).

Але не дочекався побачити нову школу директор Кісільов К.М., тяжка хвороба , передчасна смерть здолала здоров’я і пішов з життя всіма шановний вчитель і директор.

Пост директора прийняв молодий, вродливий юнак, вчитель фізики, Орлик Віталій Трохимович в 1967 році зі своїм заступником директора з навчально – виховної роботи Стасюк Марією Андрієвною, вчителькою російської мови та літератури, заступником з виховної роботи, вчителем математики, фізики, Чорним Дмитром Лаврентійовичем. Директор школи Орлик В.Т. та Чорний Д.Л. багато зусиль доклали до будівництва школи, яка дуже довго будувалась. Голова колгоспу Якубовський А.О. пішов на заслужений відпочинок і будівництвом зайнявся новий голова колгоспу Гуменюк Мефодій Йосипович, який наполегливо стукав у двері районної та обласної адміністрації про допомогу у закінченні будівництва школи.

В 1983 році заступник директора школи з навчально – виховного процесу Стасюк М. А. пішла на заслужений відпочинок (пенсію) і призначено заступником директора школи Орлика В.Т. вчительку російської мови та літератури Консул Лідію Іванівну.

Дружний і згуртований колектив школи у складі 32 вчителів працював у Нестоїтській загальноосвітній школі під керівництвом директора школи Орлика В.Т. до 1988 року, який пійшов на пенсію, продовжуючи працювати вчителем фізики та трудового навчання до 2003 року і в 2003 році передчасно помер. Школу очолив в 1988 році Чорний Дмитро Лаврентійович, Людина з великої букви, яка на протязі 15 років директорської роботи зробила великий вклад в навчально – виховний процес. Школа досягла великих успіхів, одна із кращих в Одеській області нагороджена в 2000 році срібною медаллю, а Дмитро Лаврентійович одержав від Президента України позолочений годинник, був делегатом з’їзду вчителів України, Почесними грамотами та листами МО України, області та району та іншими нагородами. Але передчасна смерть забрала з життя цю добру, чуйну людину в 2003 році. Керівництво школою було доручено молодій вчительці, заступнику директора школи з виховної роботи Мімей Олені Василівні, яка вклала свою душу та велике, щире серце в розвиток школи. Навесні 2015 року важка хвороба забрала її життя.

З 2015 року директором є Тепайкіна Світлана Олександрівна.